Обошёл (кое-как) проблему с мерцанием при применении фильтров.
1. Все эпизоды (с небольшим запасом по времени - на монтаж), где должны быть

применены такие фильтры, собираются в отдельный проект.
2. Накладываются нужные фильтры в нужных местах ...
3. Выводится в AVI-файл кодеком dv25_MainConcept ProDV Codec 3.0.9   230кБ
4. Полученный файл используется как исходный для этих эпизодов в большом проекте.

При финальном просчёте все эти участки ещё раз пережимаются (уже DV Video Encoder'ом Студии),

но это уже пустяки ... качество практически не страдает

(тем более что применение фильтров всегда подразумевает пережатие)